Da Betapharm ursprünglich als zusätzliche Marke von Hexal gegründet worden war, wurden zum Zeitpunkt der Übernahme von 3i noch wesentliche Unternehmensfunktionen sowohl im regulatorischen Bereich als auch in der Produktion und der Verwaltung vom Verkäufer für Betapharm ausgeübt. Zur Stärkung des Managements wurde schon im Vorfeld der Transaktion einen CFO rekrutiert und einen starken Beirat aus internationalen Pharmamanagern eingesetzt, der das Unternehmen sowohl strategisch als auch operativ unterstützte.

Langfristige Produktionsverträge wurden mit dem Verkäufer abgeschlossen und ein komplettes Finanzwesen wurde in kürzester Zeit aufgebaut. Im Verlaufe der Transaktion wurde auch die Nachfolge des ehemaligen CEO und Unternehmensgründers geregelt.